勝手な想像ですが…

なかなか興味深い意見だと思います。
スザクとクロスディライブはサイバーパンクな世界観を共有しイメージ的にも近いので、同じ異界という可能性は十分に考えられます。
以下、質問者さんの考察に対して自分の意見（気になる点）を纏めてみました。

1.『アバターとレゾネイトについて』
①アバターを形造るのは「ソムニウム（心）」であるのに対し、レゾネイトは「情報」なので、一見すると別物です。しかし、エニィの「響命」は他人と意識を共有するので、発現に精神が作用しているようにも見えます。
ディライブやアプライズでなくレゾネイトに注目し、この類似点を指摘した質問者さんは非常に鋭い視点を持っていると思います。
②気になるのは、質問者さんの説明にあるエニグマライトをカオスマターに変換する仕組みですが、これはディライブ技術の事ではないでしょうか？レゾネイトについては、原理の詳しい説明は無かったと記憶していますが…。

2.『ソムニウムがエニグマライトになった…？』
①ソムニウムはラテン語の「夢・幻想」が語源と思われますが、スザクの作品中では「心が生み出すもの」「精神的エネルギー」と説明されています。一方、エニグマライトはいわゆる万能物質なので、同一視するには性質が違い過ぎると思います。
②個人的には、スザクの世界でエニグマライトに相当するのは、C資源やカリュプスの体液といった「カリュプス由来の物質」ではないかと考えます。

3.『カリュプスの死によってアバター技術は失われたのか？』
①カリュプスは人工生命体であり、唯一無二の存在ではありません。製造者であるアヴリオ達との交流（戦い）の中で、製造方法に触れる可能性は有ると思われます。
②人類はカリュプスを利用する事にかけてはアヴリオが驚くレベルの高い技術力を持っています。独自にカリュプスの複製に成功してもおかしくはないでしょう。
実際トキモリ（収穫者）はアッカの転写能力を利用してカリュプスのソムニウムをコピーし、怪物を2体造り出す計画をしていました。つまり、カリュプスのソムニウムを再現できれば複製は可能という事です。
③しかし、カリュプスとは別の要因で人類がアバター技術を喪失する（自ら放棄する）可能性も有るので、何とも言えないところです。。。


個人的には、スザクとクロスディライブは別の異界だと思っています。
何故なら、それらが同一の時間軸に存在する場合、スザクの世界（文明）は滅亡を迎える事になるからです。
キワム達の未来がそうなって欲しくない…というのが個人的な想いです。

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確かにたまにスザクとクロスディライブって何となく世界観似てるなぁと思う節はありましたが…斬新な発想ですね！Maron514さんの想像力に驚きました！
大変申し訳ないのですが、比較的ストーリーはそこそこスルーしてるので、そんな奴に語られたくないでしょうけど…何だろ。直感的にハッとするものがありました！

…もしかしたら運営が次にやろうとしてることに迫ってるかもしれませんよ！！これ以上首を突っ込むと消されるかも…（笑）

スザクは1292(1496)年前に、地球外生物がもたらしたカリュプスによって滅亡の危機に追い込まれた人類(トウキョウが舞台)が空に逃げ、C資源でガーディアンを生みだし利用して、人間が安全に暮らせる世界を作るというストーリーに対して、クロスディライブⅠは、未曾有の災害が起きて、地上のほとんどが結晶化し、シェルに避難した一部の人間だけが助かり、草木も獣もほぼ絶滅した異界という記載がストーリーであります。

たしかに、エニィの〈腕〉はリローデッドのガーディアン･アーマーに通じる所がありますし、未曾有の災害というのが「カリュプスの死」によるものだとしたら、(和ノ国)→スザク→リローデッド→エニィの文明(レゾネイト)→オールドワン〈機械知性〉の文明(アプライズ)→クロスディライブとつながって、2周年･4周年イベントはここまで考えて作られていたのかと感服します。

ただ、スザクの終盤とリローデッドでせっかく人間とガーディアンが共闘するようになったのに一部の人間だけが助かるなんてやっぱり都合良すぎって思ってしまいます(生き残った人間の中に実はガーディアンも含んでいるなら別ですが)。 また、エニィがリローデッドの世界の人類の生き残りの子孫(orガーディアン)だとする説は大変面白いですが、情報を響命する文明であったはずのエニィが英雄である黒猫の魔法使いを知らないというのにも少しだけ違和感がありますし、普通に旧文明の人類の生き残りなのではと思います。それから、カリュプスは1000年以上も殺され続けた挙句、滅んだ後もエニグマライトとして利用され続けていたとしたら、ガーディアン以上に不憫な存在だと思いました。

どちらも、SFの世界ってことで質問者様や他の回答者様が挙げられている共通点や伏線も多いですが、今のところ108つの別々の異界の物語として楽しんでいます(⑅ ॣ•͈૦•͈ ॣ)ᵎ

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一時期Twitterでも関連があるんじゃないかって意見を見ました。
スザク３のキワムのアンサースキルが「ラスト・レゾナンス」でレゾネイトと関係ありそう、という意見もありました。

夢も希望もないですが、いまのところは没案の流用かなくらいに思ってます。
けれど公式がどうしていくかで繋がりが示唆される可能性は十分ありますし、言及されてないから色々考えて楽しめるかな、と思います。

あくまで意見ですー（CV.ヴィクトリア意識）

"声"と"響命"のシナリオ展開もREROADEDと非常に近く、スザク完結後に新作近未来世界観シリーズとして公開された世界観のクロスディライブは公開タイミングとしても、スザクに近い世界であり、且つ遙か未来の形として作成された世界観である可能性も、有ると思っています。

ただ、迷っていることがありまして、
クロスディライブACT.１のストーリー展開上、スザク・シナリオと交差させようという意志が感じられないのですよね…。
エニィがどこから来たのかという設定は、そこはほっといて、エニィは今こうして生きてます！が今のクロスディライブのメインストーリーに見えるというか。それもACT.２でより目指す方向が分からなくなってきたというか。

…想像として、＜ スザク完結 → スザク後続作品として新シリーズ・クロスディライブ公開 → だけど旧作軍の人気超えるのかなり厳しい＆ACT.１なんかスザクと空*********過ぎたよね、これ別作品だよね → じゃあスザク続編（※REROADED）別に制作しちゃって、クロスディライブは独立させちゃった方がよくない？ → クロスディライブACT.２公開 → 幻魔特区REROADED公開 ＞な気がしなくもなくてですね…

なので、質問者様と似ているけれどびみょーに異なる考察でして、
個人的にはクロスディライブ＝スザクの続編プロット上で制作された、あくまでも派生作品として見ています。
派生なので、似た設定が残留しつつ別作品として見るべきなのかなと。

エニィの身の上話、
…今後のクロスディライブで公開されるんでしょうかね……
演出してくれる気あるのかなそこのところ。
正直、質問者様のストーリー展開だと私好みで嬉しいのになぁ。
ちょっと悲しくなりつつ、こんな回答です。

スザクは和の国の違う時代説ってのもありますよ

Ⅱ外伝でミュールが和の国の新年の過ごし方の本を読んでたりします

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コロプラ運営「採用！」

　ありそうな、美味く絡めた感じですね。
絵柄や雰囲気が似てる感じはしてましたので、そこまで理路整然としてはいませんでしたが同一世界なのかな？と漠然と思っていました。
　
　主さまの想像、「星を継ぐもの」の謎解きみたいで面白いと思いますよ～。こういうSFちっくなのが好きなのです。
　シナリオライターさんに期待してみるのも良いですね～

「これぞ、theオタクの考察ッ！」って感じでなかなか面白いですね。
どちらも過去に日本(和ノ国？)らしき国の存在を匂わせる辺りも一致しますしね。

でも、SFタイプのストーリーを作るとどうしても似てしまうものだとも思うのですよね。うーん。

面白いですね、こうやって考えられる人が羨ましいですｗ
ストーリーもよくすっ飛ばしたりもしますが、スザクは比較的読んだんですが、それでもそういう発想は全く無かったですね。

異界１０８で交わらない。ふーん、じゃあ１０８出したらどうすんだろ。増やすのかな、、、ぐらいでした。

時間軸は違うけど、ウィズと主人公のキミとは繋がるんですかね。
あーーーーー、こういう話は頭が固い私には苦手ですが、でも面白いと思いました。

私もMaron514さんのようにスザクとクロデブは似通ってると思ってました。